Auto zostało zaprezentowane w 1998 roku jako trzy- i pięciodrzwiowy hatchback. Na początku oferowano je z silnikami benzynowymi o pojemnościach: 1124 (60 KM), 1360 (75 KM) i 1560 cm³ (90 KM), oraz silnikiem Diesla 1868 cm³ i mocy 70 KM. Rok później dołączyła wersja sportowa nazwana S16 z silnikiem o pojemności 1997 cm³ i mocy 135 KM, oraz 2-drzwiowe cabrio-coupe z elektrycznie składanym, dzielonym, sztywnym dachem, zwane CC[1]. Ten sam silnik otrzymała limitowana wersja GT (Grand Tourisme), która została wyprodukowana, aby można było homologować model 206 jako auto rajdowe klasy WRC. Wersja ta była dłuższa od standardowej 206-tki dzięki zmienionym zderzakom, było to wymagane przepisami, które stanowiły, że auta WRC muszą mieć minimum 4 metry długości. Każdy z 4000 wyprodukowanych egzemplarzy posiadał tabliczki z indywidualnym numerem seryjnym na słupku B. W 2000 roku do silnika Diesla 1,9 l dołączył nowy silnik wysokoprężny 2,0 HDI o pojemności 1997 cm³, technologią common rail i mocy 90 KM. W plebiscycie na Europejski Samochód Roku 1999 model zajął 3. pozycję (za Fordem Focusem i Oplem Astrą G). W 2001 roku zaprezentowano nową wersje nadwoziową: 5-drzwiowe kombi zwane SW. Pojawił się też nowy szesnastozaworowy silnik benzynowy o pojemności 1587 i mocy 109 KM, zastępując jednostkę o mocy 90 KM. Silnik 1,9D zastąpiono nową jednostką 1,4 HDI o poj. 1398 cm³ (68 KM). Do modeli wprowadzono instalację multipleksową (skrót: MUX). W 2003 roku 206-ka przeszła niewielki facelifting. Zastosowano nowe przednie reflektory, lampy tylne oraz zderzaki, modyfikacje podwozia, lepsze materiały wykończeniowe oraz bogatsze standardowe wyposażenie. Pojawiła się też usportowiona wersja RC z silnikiem 2,0 l o mocy 177 KM. Rok później silnik 1,4 l oprócz wersji 75-konnej otrzymał wersję o mocy 90 KM. Pojawił się też jeszcze jeden diesel 1,6 HDI (1560 cm³) i mocy 110 KM. W 2005 roku zaprezentowano wersję sedan, która jest produkowana przez kompanię Iran Khodro z Iranu. Na początku 2009 roku zaprezentowano zmodernizowaną odmianę tego modelu, nazwaną Peugeot 206+. Zmiany objęły głównie nadwozie samochodu, gdzie zastosowano zderzak przedni oraz lampy nawiązujące do ówczesnej linii stylistycznej firmy Peugeot. W tylnej części nadwozia zastosowano nowy zderzak oraz tylne światła o zmienionym wzorze klosza. We wnętrzu odświeżono deskę rozdzielczą. Po zakończeniu produkcji w Europie, w Chinach znacznie przestylizowany Peugeot 206 jest sprzedawany jako Citroën C2 (model ten nie ma nic wspólnego z europejskim Citroënem C2).